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1、烘干保存。虽然目前国内有部分厂家在制粉过程中提取了麦胚，但由于新鲜胚芽不耐储存，在夏季包装一两天后就会发酵变质，而且胚芽食品的口感粗糙，在市场上的销路不畅，生产不时中断，大量已经提纯的胚芽只好仍然混入麸皮中，作为副产品出售。新鲜胚芽的含水量高，而胚芽经焙烧处理后，因酵素失活，水分减少，较之生胚芽大大延长了保存期，而且能改善食用的口味。但是焙烧胚芽吸湿性仍很强，故制品要在气密性容器中真空包装或者充添氮气，二氧化碳，吸氧剂等，并且置低温，阴暗的地方保藏。

2、低温干燥法。小麦胚芽，最好是放在冰箱保存，而且还应尽快在一个月左右食用完。没有冰箱可以将小麦胚芽放在避光密封、阴凉干燥处保存。目前，全脂胚芽的常温保存期为1个月，低温保存期为3个月，脱脂胚芽的常温保存期为6个月。