2019年5月包商银行因出现严重信用风险而被接管，2020年11月12日，银保监会原则同意包商银行进入破产程序，蒙商银行就是在这样的背景下成立的，于4月30日正式开业。蒙商银行是独立于包商银行的法人主体，收购承接包商银行在内蒙古自治区内的全部资产、负债、业务和人员。不是由包商银行改名而来。

从公告得知，央行全资设立的存款保险基金持股比例27.50%，为第一大股东，内蒙古自治区财政厅持股比例为16.6667%，为第二大股东，徽商银行持股比例15%，为第三大股东。

蒙商银行是城市商业银行，由存款保险基金管理公司会同建设银行、徽商银行、内蒙古自治区财政厅、包头市财政局，以及部分有实力的国有企业联合发起设立。蒙商银行是新设立且独立于包商银行的法人主体。